トップ画面
トップ画面例
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種別選択フォーム検索する対象の種別を選ぶことができます。
文字を入力すると、種別名(またはエイリアス)と部分一致する候補が表示されます。
下三角のボタンを押すと、選択可能なすべての種別候補が表示されます。 - 検索フォーム
- チュートリアルリンク本画面へのリンク
検索結果画面
検索結果を一覧表示します。
結果をクリックするとマスター画面に遷移できます。
検索結果画面例
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検索フォーム、検索結果検索する対象の種別を選ぶことができます。
文字を入力すると、種別名(またはエイリアス)と部分一致する候補が表示されます。
下三角のボタンを押すと、選択可能なすべての種別候補が表示されます。
ORGフォームがALL以外の場合、対象の種別を検索対象としています。
検索文字列を入力してSEARCHボタンを押すことで検索が実行され、
検索文字列と検索結果件数をSearch Textとhitに表示されます。
検索に使える文字は0~9 A~Z a~z _ - のみとなっています。
検索は2段階で行われ、結果の合計が表示されます。
段階1:検索フォームに入力された文字でIDでの検索をします。
段階2:テキスト検索を実行します。
検索フォームに入力された文字でIDでの検索をし、さらにテキスト全文検索を実行します。
スペースで区切られた文字列が入力された場合、AND検索として検索を実行します。
ただし、検索文字列の間に OR と入力された場合は前後の文字列をOR検索として検索を実行します。
- ソート機能ORGやPROTEINのボタンをクリックすると対象のソートが出来ます。
一度クリックすると昇順ソートが設定され、再度検索が行われます。
昇順でソートされたボタンをクリックすると降順ソートが設定され、再度検索が行われます。
CTRLキーを押しながら他のソートボタンをクリックすることで複数ソートが可能です。
ソート状態は(優先順位)と▲または▼で表示されます。
例
PROTEIN(2)▼、NAME(1)▲。
・優先1:NAMEの昇順
・優先2:PROTEINの降順
- 結果一覧(リンク)また、検索文字が該当した種別情報と、ID情報、名前とPDBの有無を1行に表示されます。
各検索結果はマスター画面へリンクとなっていてクリックすると新しくページが開いて遷移します。
マスター画面
対象IDの情報を表示しています。
ホモログ情報からホモログ画面に遷移できます。
マスター画面(上部)例
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基本情報対象IDの基本情報が表示されます。
FASTA文字列にマウスを合わせると、FASTA配列が表示されます。クリックで表示を固定/解除が可能です。
- DDBJ Acession情報とホモログ情報DDBJ Accession Listには、対応するDDBJ Accession Noがリンクされて表示されます。
Homologのヒット数が表示されます。
HUM、PRI、RODなどのヘッダをクリックすると、ホモログ画面に遷移します。 - SCOP情報SCOP DomainsはヒットしているSCOPデータを表示しています。
Alignment項目のリンクからアライメント画面
Top-Hit項目のリンクからペア画面に遷移できます。
マスター画面(下部)例
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ヒットした配列情報Sequenceの最初と最後のラインは目盛りを表していています。
各ラインの詳細は下記の通りです。
・SECSTRは予測された二次構造を表します。マジェンタ_がαヘリックス、黄色_がβシートです。
・PSIPREDはPSIPREDにより予測された二次構造。マジェンタ_がαヘリックス、黄色_がβシートです。
・DISOPRED_はDISOPRED2により予測された天然変性領域です。
・BLT:PDB_はBLASTによる対PDBに対するアライメント領域です。
・RPS:PDB_はReverse PSI-BLASTによる対PDBに対するアライメント領域です。
・RPS:SCOP_はReverse PSI-BLASTによる対SCOPに対するアライメント領域です。
・HMM:SCOP_はHMMerによるSCOPに対するアライメント領域です。
・RPS:PFM_はReverse PSI-BLASTによる対PFAMに対するアライメント領域です。
・HMM:PFM_はHMMerによるPFAMに対するアライメント領域です。
・BLT:SWISS_はBLASTによる対SWISSPROTに対するアライメント領域です。
・PROS_はProSiteモチーフの見られる領域です。
・TM=はSOSUIで予測された膜貫通ヘリックス領域です。
・COIL=はcoiled-coilが予測された領域です。
・REPEAT__は繰り返し配列が現れる領域です
・SEG_はSEGにより見つけられた、同じアミノ酸が連続するような配列複雑性の低い領域です。
- ヒットした配列の詳細情報ヒットした配列の詳細な情報を表示しています。
・Alignment列はアライメント画面にリンクされています。
・Range列は、類似する領域です。
・Top-Hit列は、PDBコードを表し、ペアアライメント画面にリンクされています。
・Cross-Reference列は、PDBjやSCOP、pfamなどへのリンクを表示しています。また、PROSITE項目では、配列情報を表示します。
・Evalue列は相違度が表示されます。
・SeqID列は類似度が表示されます。
外部へのリンク画像がついたリンクは、新しいページで開きます。
- PROSITE情報Cross-Reference項目のPROSの文字にカーソルを合わせることでPROSITEの詳細ポップアップが表示されます。
ポップアップ表示された内容の上半分はdescriptionと配列パターンで、下半分は該当配列を表示しています。
アライメント画面
対象のIDとターゲット情報を表示しています。
アライメント画面(上部)例
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基本情報アライメントの基本情報が表示されます。
- ヒットした配列情報Summary of PDB Searchではラインのサマリが表示されます。
Beginは開始位置、Sequenceは構造情報、Closeは終了位置、Evalue、Identity、ID、Detailsが表示されます。
一番上と一番下には目盛りが表示されます。
表示順はSCOREの降順となっています。(SCOREの値は表示していません)
- ID項目詳細情報ID列のリンクはペアアライメント画面にリンクされています。
アライメント画面(下部)例
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目盛り情報Multiple Alignmentを表示しています。
位置が分かりやすいよう、目盛りが表示されています。
- 対象IDの配列情報Multiple Alignmentは対象IDとヒットしたIDのSequence情報を表示しています。
左右にスクロールすることで全長が確認出来ます。
- ヒットしたIDの配列情報Multiple Alignmentは対象IDとヒットしたIDのSequence情報を表示しています。
対象IDのSequenceと同じ位置、配列の場合、青文字で表示されます。
上下左右にスクロールすることで全情報が確認出来ます。
ペアアライメント画面
対象のIDとターゲットのペア情報を表示しています。
ペアアライメント画面例
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基本情報対象のIDの基本情報を表示しています。
- ペアIDの構造、基本情報JSmolによる立体構造表示をしています。
・cartoon表示は配列情報のある部分 ・緑色で表示された部分は配列がハイフンの部分
・青色で表示された部分は配列範囲外の部分
PDB INFORMATIONにはターゲットの情報を表示しています。
左クリック+ドラッグで回転、右クリックでメニュー表示などの操作が可能です。 - ヒットしたIDとペアIDの配列情報LIGAND INFORMATIONはLIGAND情報を表示しています。
LIGANDとは特定の受容体(receptor; レセプター)に特異的に結合する物質
MOLECULEがある場合はLIGAND情報とALIGNMENT情報にデータを表示しています。
MOLECULEとは分子のこと
ALIGNMENTテーブルは各アライメント、比較結果、二次構造予測などの情報を表示しています。
AASECは対象のIDのアライメントです。TARGETのアライメントと比較して、同じ文字の場合は青字で表示されています。
SECSTRは対象IDとターゲットの二次構造予測です。
テキストの色は下記の通りです。
H_#FF0070
E_#A0A000
それ以外は_#000000。
二次構造予測データが無い場合は表示されません。
上下左右にスクロールすることで全情報が確認出来ます。
View On Hitsをクリックすることでアライメント画面へ遷移して、対象のIDとヒットしているターゲットが他に存在するか確認することが出来ます。
ホモログ画面
ホモログ情報を階層表示しています。
Google Chromeでの閲覧を推奨しています。
ホモログ画面例
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基本情報対象IDのホモログヒット情報を表示しています。
ホモログとは相同性のこと
種別やID、など基本情報を表示しています。
現在のノード位置に関する階層リストを表示しています。
上位のリストをクリックすることで対象ノードを中心に表示することが出来ます。
下位のノードをクリックするとリストに名前が追加されます。
- ホモログリスト各ノードには名前とヒットした件数を表示しています。
名前が見えないノードでも、カーソルを合わせることでノードの名前とヒット数をポップアップが表示されます。
ノードをクリックすることで、対象のノードが先頭に表示されます。
左端の空欄ノードをクリックすることでひとつ上のノードが先頭位置に表示されます。
青字のviewリンクをクリックすることで詳細情報が右側に表示されます。
- 該当する詳細情報詳細情報は、クリックしたノードの名前と同じ情報を持つIDを、種別毎にIDとNAMEをテーブル表示しています。