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画面は以下のように遷移可能です。

画面の詳細は以下の通りです。

トップ画面

トップ画面例

  • 種別選択フォーム
    検索する対象の種別を選ぶことができます。
    文字を入力すると、種別名（またはエイリアス）と部分一致する候補が表示されます。
    下三角のボタンを押すと、選択可能なすべての種別候補が表示されます。
  • 検索フォーム
    検索文字列を入力してSEARCHボタンを押すことで検索が実行されます。
    ※詳細は検索結果画面の説明を閲覧してください。
    検索結果は検索結果画面に遷移して表示されます。
  • チュートリアルリンク
    本画面へのリンク

マスター画面

対象IDの情報を表示しています。
ホモログ情報からホモログ画面に遷移できます。

マスター画面（上部）例

  • 基本情報
    対象ＩＤの基本情報が表示されます。
    FASTA文字列にマウスを合わせると、FASTA配列が表示されます。クリックで表示を固定/解除が可能です。
  • DDBJ Acession情報とホモログ情報
    DDBJ Accession Listには、対応するDDBJ Accession Noがリンクされて表示されます。

    Homologのヒット数が表示されます。
    HUM、PRI、RODなどのヘッダをクリックすると、ホモログ画面に遷移します。
  • SCOP情報
    SCOP DomainsはヒットしているSCOPデータを表示しています。

Alignment項目のリンクからアライメント画面
Top-Hit項目のリンクからペア画面に遷移できます。

マスター画面（下部）例

  • ヒットした配列情報
    Sequenceの最初と最後のラインは目盛りを表していています。
    各ラインの詳細は下記の通りです。
    ・SECSTRは予測された二次構造を表します。マジェンタ
    _
    がαヘリックス、黄色
    _
    がβシートです。
    ・PSIPREDはPSIPREDにより予測された二次構造。マジェンタ
    _
    がαヘリックス、黄色
    _
    がβシートです。
    ・DISOPRED
    _
    はDISOPRED2により予測された天然変性領域です。
    ・BLT:PDB
    _
    はBLASTによる対PDBに対するアライメント領域です。
    ・RPS:PDB
    _
    はReverse PSI-BLASTによる対PDBに対するアライメント領域です。
    ・RPS:SCOP
    _
    はReverse PSI-BLASTによる対SCOPに対するアライメント領域です。
    ・HMM:SCOP
    _
    はHMMerによるSCOPに対するアライメント領域です。
    ・RPS:PFM
    _
    はReverse PSI-BLASTによる対PFAMに対するアライメント領域です。
    ・HMM:PFM
    _
    はHMMerによるPFAMに対するアライメント領域です。
    ・BLT:SWISS
    _
    はBLASTによる対SWISSPROTに対するアライメント領域です。
    ・PROS
    _
    はProSiteモチーフの見られる領域です。
    ・TM
    =
    はSOSUIで予測された膜貫通ヘリックス領域です。
    ・COIL
    =
    はcoiled-coilが予測された領域です。
    ・REPEAT
    _
    _
    は繰り返し配列が現れる領域です
    ・SEG
    _
    はSEGにより見つけられた、同じアミノ酸が連続するような配列複雑性の低い領域です。
  • ヒットした配列の詳細情報
    ヒットした配列の詳細な情報を表示しています。
    ・Alignment列はアライメント画面にリンクされています。
    ・Range列は、類似する領域です。
    ・Top-Hit列は、PDBコードを表し、ペアアライメント画面にリンクされています。
    ・Cross-Reference列は、PDBjやSCOP、pfamなどへのリンクを表示しています。また、PROSITE項目では、配列情報を表示します。
    ・Evalue列は相違度が表示されます。
    ・SeqID列は類似度が表示されます。
    外部へのリンク画像がついたリンクは、新しいページで開きます。
  • PROSITE情報
    Cross-Reference項目のPROSの文字にカーソルを合わせることでPROSITEの詳細ポップアップが表示されます。
    ポップアップ表示された内容の上半分はdescriptionと配列パターンで、下半分は該当配列を表示しています。

アライメント画面

対象のIDとターゲット情報を表示しています。

アライメント画面（上部）例

  • 基本情報
    アライメントの基本情報が表示されます。
  • ヒットした配列情報
    Summary of PDB Searchではラインのサマリが表示されます。
    Beginは開始位置、Sequenceは構造情報、Closeは終了位置、Evalue、Identity、ID、Detailsが表示されます。
    一番上と一番下には目盛りが表示されます。
    表示順はSCOREの降順となっています。（SCOREの値は表示していません）
  • ID項目
    詳細情報ID列のリンクはペアアライメント画面にリンクされています。

アライメント画面（下部）例

  • 目盛り情報
    Multiple Alignmentを表示しています。
    位置が分かりやすいよう、目盛りが表示されています。
  • 対象IDの配列情報
    Multiple Alignmentは対象IDとヒットしたIDのSequence情報を表示しています。
    左右にスクロールすることで全長が確認出来ます。
  • ヒットしたIDの配列情報
    Multiple Alignmentは対象IDとヒットしたIDのSequence情報を表示しています。
    対象IDのSequenceと同じ位置、配列の場合、青文字で表示されます。
    上下左右にスクロールすることで全情報が確認出来ます。

ペアアライメント画面

対象のIDとターゲットのペア情報を表示しています。

ペアアライメント画面例

  • 基本情報
    対象のIDの基本情報を表示しています。
  • ペアIDの構造、基本情報
    JSmolによる立体構造表示をしています。
    ・cartoon表示は配列情報のある部分 ・緑色で表示された部分は配列がハイフンの部分
    ・青色で表示された部分は配列範囲外の部分
    PDB INFORMATIONにはターゲットの情報を表示しています。
    左クリック＋ドラッグで回転、右クリックでメニュー表示などの操作が可能です。
  • ヒットしたIDとペアIDの配列情報
    LIGAND INFORMATIONはLIGAND情報を表示しています。
    LIGANDとは特定の受容体（receptor; レセプター）に特異的に結合する物質
    MOLECULEがある場合はLIGAND情報とALIGNMENT情報にデータを表示しています。
    MOLECULEとは分子のこと

    ALIGNMENTテーブルは各アライメント、比較結果、二次構造予測などの情報を表示しています。

    AASECは対象のIDのアライメントです。TARGETのアライメントと比較して、同じ文字の場合は青字で表示されています。
    SECSTRは対象IDとターゲットの二次構造予測です。
    テキストの色は下記の通りです。
     Ｈ
    _
    #FF0070
     Ｅ
    _
    #A0A000
     それ以外は
    _
    #000000。

    二次構造予測データが無い場合は表示されません。
    上下左右にスクロールすることで全情報が確認出来ます。

    View On Hitsをクリックすることでアライメント画面へ遷移して、対象のIDとヒットしているターゲットが他に存在するか確認することが出来ます。

ホモログ画面

ホモログ情報を階層表示しています。
Google Chromeでの閲覧を推奨しています。

ホモログ画面例

  • 基本情報
    対象IDのホモログヒット情報を表示しています。
    ホモログとは相同性のこと
    種別やID、など基本情報を表示しています。
    現在のノード位置に関する階層リストを表示しています。
    上位のリストをクリックすることで対象ノードを中心に表示することが出来ます。
    下位のノードをクリックするとリストに名前が追加されます。
  • ホモログリスト
    各ノードには名前とヒットした件数を表示しています。
    名前が見えないノードでも、カーソルを合わせることでノードの名前とヒット数をポップアップが表示されます。
    ノードをクリックすることで、対象のノードが先頭に表示されます。
    左端の空欄ノードをクリックすることでひとつ上のノードが先頭位置に表示されます。
    青字のviewリンクをクリックすることで詳細情報が右側に表示されます。
  • 該当する詳細情報
    詳細情報は、クリックしたノードの名前と同じ情報を持つIDを、種別毎にIDとNAMEをテーブル表示しています。
画面説明 トップ画面 検索結果画面 マスター画面上 マスター画面下 アライメント画面上 アライメント画面下 ペアアライメント画面 ホモログ画面
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