創薬等支援技術基盤プラットフォームのツールとデータベース
解析拠点
ツール
- 天然変性領域予測: DICHOT
- 複合体比較法: SCPC
- 構造比較法: MICAN
- 構造変化記述法: MotionTree
- 脂質結合タンパク質予測: LBPredictor
- GPI結合タンパク質予測: GPI-anchored protein predictor
- 糖鎖結合タンパク質予測: Lectin predictor
- X線小角散乱情報を用いた拘束分子動力学: SAXS_MD
- SAX由来のビーズ構造からトレース構造をつくる: TraceBeads
- タンパク質立体構造２次データベース構築システム: SIRDi
- ヒト遺伝性疾患関連変異解析ビューワ: Mutation@A Glance
- 膜タンパク質予測システム: SOSUI
- 複数のドメインからなるタンパク質の全体構造を予測する: PreDom:Structure
- Caspase-3基質と切断部位予測のスクリーニング: ScreenCap3
- ミトコンドリアのプレ配列と切断部位の予測: MitoFates
- プロファイル比較による類似性検索: FORTE、DELTA-FORTE
- MIQSを用いた配列検索システム: MIQS
- 半自動ドッキング条件最適化/相互作用記述子による機械学習活性予測/多面的類似・機械学習予測: PALLAS/MUSES/LAILAPS
- 多重配列アライメントソフトウェア: MAFFT
- 抗体構造モデリングソフトウェア: Kotai Antibody Builder
- RNA/DNA結合タンパク質上の結合サイトを予測するアルゴリズム: aaRNA/aaDNA
- NGS解析システム: Maser
- 複数ChIP-Seqデータのピーク検出と可視化: DROMPA
データベース
- 構造変化データベース: PSCDB
- 天然変性データベース: IDEAL
- タンパク質の類似リガンド結合部位データベース: PoSSuM/PoSSuMds
- 網羅的モデリングデータベース: SAHG
- PDB中の低分子化合物のデータベース: Het-PDB Navi.
情報拠点
ツール・データベース統合システム
ツール
- 1Dから2Dと3D構造と天然変性領域を予測: FUJI
- SNPsを1D/3Dにマッピングする: SNPs
- 蛋白質複合体構造を推定する: ToSY
- 相同複合体の検索・モデリングサーバ: HOMCOS
- De novoのミスセンス変異がタンパク質の機能へ及ぼす影響を予測する: S-VAR
データベース
- プロテオームデータベース: GTOP
- ヒトに特化したプロテオームデータベース: hGTOP
- ターゲットタンパク研究成果統合検索: ASETT
- ターゲットタンパク研究３５課題のアトラス: TP Atlas
- 日米欧のアミノ酸配列を網羅的にアノテーション付けしたDB: CASA
- タンパク質化合物相互作用DB: PCI
- オートファジーに関する蛋白質を網羅: Autophagy DB
- トリパノソーマDB: Trypanosomes DB
- 大腸菌全タンパク質の可溶率と合成量DB: eSOL
- 構造生物学実験プトロコルデータベース: PREIMS
- ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」「解析」「制御」の成果について、概要図と技術の概要や活用事例集: AT Atlas
- 高度好熱菌 T. thermophilus HB8データベース: ThermusDB
- パスウェイ情報を利用した天然リガンドと蛋白質の複合体構造データベース: Natural Ligand Database
- タンパク質の巻き戻し技術DB: Refold Database
- ヒト蛋白質に関する構造・機能アノテーションをまとめたテーブル: VaProS Table
引用／謝辞について：
今ページを利用した研究発表には、以下の謝辞をつけていただけると幸いです。
「この研究（の一部）は、国立研究開発法人日本医療研究開発機構創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業（創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業）の情報拠点が開発した構造生命科学情報ポータルを利用して実施しました。」口頭発表では、ここに添付されたスライドを（必要ならば修正して）利用していただけると幸いです。
今ページを利用した研究発表には、以下の謝辞をつけていただけると幸いです。
「この研究（の一部）は、国立研究開発法人日本医療研究開発機構創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業（創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業）の情報拠点が開発した構造生命科学情報ポータルを利用して実施しました。」口頭発表では、ここに添付されたスライドを（必要ならば修正して）利用していただけると幸いです。
For citation:
The following description is recommended for the citation in the work that makes use of this website. "This research (in part) used the portal website for Structural Life Science Research, developed by the Information Core of the Platform Project for Supporting Drug Discovery and Life Science Research（Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science）from Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)." For the acknowledgement in an oral presentation, please use (and modify if necessary) the slide in this PowerPoint file.
The following description is recommended for the citation in the work that makes use of this website. "This research (in part) used the portal website for Structural Life Science Research, developed by the Information Core of the Platform Project for Supporting Drug Discovery and Life Science Research（Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science）from Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)." For the acknowledgement in an oral presentation, please use (and modify if necessary) the slide in this PowerPoint file.
