p4d

創薬等支援技術基盤プラットフォーム

twitter mailing list

構造生物学のデータベースとツール

蛋白質の配列・構造・相互作用・解析に関するデータベースとツールを集積し、各サイトに独自にコメントをつけ、サイトの機能によって分類したリンク集です。


1 データベース編

1.1 配列から探る

UniProt
代表的なタンパク質配列とその機能のデータベース。
タンパク質配列に自動的に機能アノテーションを加えたTrEMBL(2011年9月時点で1,688万件)と、そのデータを文献情報などを利用して吟味し高品質のアノテーションを付けたSwiss-Prot（同53万件)が公開されている。
Swiss-Protはアノテータ作業を要するため、最新の研究結果を反映していないことがある。

GO
遺伝子産物の機能を系統的に分類し、番号を付けたもの。
タンパク質の標準的な機能分類として使われている。

GTOP
全ゲノム配列が決まった生物種の全ORFのコードするタンパク質の機能と立体構造予測結果をまとめたデータベース。
PDB, SCOP, Prosite, Pfamなどに加え、天然変性（ディスオーダー）領域の情報も提供。
2010年10月版で、1357種のゲノムを収録。

InterPro
タンパク質の配列にアラインされるSCOP, CATH, Pfam, TIGRFAMs, Prosite, PRINTS, ProDom, SMARTなどのドメインを一括して表示するデータベース。

InterProScan
利用者が指定したタンパク質の配列についてPfam, TIGRFAMs, PRINTS, ProDom, SMARTなどを一括して検索し、表示する。
立体構造アラインメントは出来ず、データベースの選択によっては結果が出るまで長時間かかることがある。

Pfam
タンパク質の各機能が共通して持つ配列モチーフのデータベース。
広範囲の機能をカバーし（2011年3月時点で約12,273ファミリー）、広く利用されている。
各機能を持つタンパク質群の配列を並べ、共通配列を抽出したのがPfamドメインであり、必ずしも立体構造のドメインではない。
専門家によるチェックを経ており高品質なPfam-Aと、PRODOMに登録されたファミリーから自動的に構築されたPfam-Bに分けられる。
InterProで検索されるデータベースの一つ。

PRINTS
それぞれのタンパク質ファミリーを特徴づける配列モチーフ群を集めたデータベース。
一つのモチーフより、モチーフ群(fingerprints)を用いた方が解像度が上がるとの考えに基づき、UniProtの配列から抽出している。
InterProで検索されるデータベースの一つ。

ProDom
UniProtの配列データからタンパク質ファミリーを抽出し、そのドメイン構成を同定しているもの。
InterProで検索されるデータベースの一つ。

Prosite
実験的裏付けのあるアミノ酸配列モチーフを集めたデータベース。
InterProで検索されるデータベースの一つ。

SMART
動く遺伝因子のドメインとドメイン構成を同定し、アノテーションを加えたもの。
シグナリング・細胞外タンパク質やクロマチン結合タンパク質のファミリーをカバー。

TIGRFAMs
TIGR (The Institute for Genome Research)が構築し、JCVIが引き継いだタンパク質ファミリーのデータベース。
隠れマルコフモデルを用いてタンパクをファミリー分類したもの。
Pfamと補完性あり。

TMBETA-GENOME
全ゲノム配列が決定した生物種のゲノム中に含まれるβ-バレル型膜タンパク質のデータベース。
各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、アノテーション結果がデータベースに格納されている。
アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行うツールも提供。

Immuno-Navigator
免疫システム（マウス造血系細胞24種類）におけると遺伝子共発現データベース。

ProDom
UniProtの配列データからタンパク質ファミリーを抽出し、そのドメイン構成を同定しているもの。
InterProで検索されるデータベースの一つ。

SMART
動く遺伝因子のドメインとドメイン構成を同定し、アノテーションを加えたもの。
シグナリング・細胞外タンパク質やクロマチン結合タンパク質のファミリーをカバー。

1.2 構造を探る

PDBj
タンパク質立体構造のデータバンクの日本ノード。
米国RCSB、欧州MSD-EBIと共同でwwPDBを運営している。

CATH
既知のタンパク質立体構造を半自動的に分類しているデータベース。
SCOPと並んで、代表的な立体構造分類法。

EM Navigator
電子顕微鏡データ（日本）: 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽に楽しく眺めるためのウェブサイト。
PDBjがEMDB と PDB のデータを利用して運営。
統計情報分子・構造生物学の専門家にも、初心者や専門外の人にも楽しめるサイトを目指している。

EMDB
巨大分子複合体や細胞内構造の電子顕微鏡密度マップの登録を受け、提供している電子顕微鏡データバンク。
低温電子顕微鏡により決定された立体構造は、このサイトとPDBに一括登録可能。
単粒子解析法、電子線トモグラフィー、２次元結晶法などのデータを含む。

EzCatDB
酵素立体構造情報、文献情報などに基づいて、酵素触媒機構を階層的に分類しているデータベース。
各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-Prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクが張られている。
735エントリーを収録(2010年12月)。

OLDERADO
PDBに登録されたNMR構造をクラスタリングし、代表構造とサブファミリーに分類して公開しているデータベース。
PDBのIDにより検索する。

PDBSum
PDBに登録されたタンパク質の立体構造を示し、機能・文献その他の関連情報を示す。
特定のPDB構造に関する情報を得るのに有用。

ProTherm
変異体を含むタンパク質の熱力学データベース。
変性温度、変性自由エネルギー、実験条件、実験方法などを文献から集めている、類例のないデータベースである。

SCOP / SCOP2
既知のタンパク質立体構造を専門家の手で進化的に最小と考えられるユニットに分け、分類しているデータベース。
CATHと並んで、最もよく使われる立体構造分類。
アップデートが頻繁ではないため、PDBに登録された構造でもカバーされていないものがある。

SEVENS
7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベース。
56の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法で、GPCR遺伝子を高精度に同定している。

mpdb membrane protein data bank
立体構造が明らかになった膜タンパク質に関するデータベース。

BRENDA
酵素のデータベース。
EC番号で分類されており、化学反応式も見ることができる。

X-ray Anomalous Scattering
実験計画の立案に利用可能なX線異常散乱データベース。

eF-site
タンパク質分子表面と機能部位のデータベース。

ExPASy
Swiss Institute of BioinformaticsのDB・ツール集。

ModBase
MODELLERパッケージのMODPIPEによってモデリングしたタンパク質構造モデル。

NLDB
タンパク質と天然リガンドの複合体構造のデータベース。
結晶構造だけではなく、モデリングも行っている。
ヒトを対象として、KEGGとUniProtとPDBをつなぐ形で、リガンド結合部位周辺の変異情報を見やすく集積したデータベース。

1.3 技術を探す

PROTOCOL ONLINE
生命科学系の実験に関するプロコールのリンク集。
Proteinで検索すると、Extraction & Purification, Diaysis, Crystallization, Expressionなどのカテゴリが表示される。

蛋白質科学会アーカイブ
蛋白質科学会内の日本語のページであり、タンパク質実験技術に関する記事を集めたもの。
実験のコツなどが解りやすく記述されている。

Bacpedia
播磨理研におけるタンパク3000プロジェクト時の発現、精製、結晶化、回折データ測定等の実験データをまるまるデータベース化。
ロボットによる結晶化の観察画像なども全て公開。
（ただし微生物由来のタンパク質限定）

1.4 その他の生体高分子は

JCGGDB
産総研での糖鎖関連データベースを集約。
以下の7つのデータベースの横断検索が可能。

GGDB
糖鎖関連遺伝子データベース。

LfDB
レクチンおよびそれらのピリジルアミノ化糖鎖との相互作用情報データベース。

GlycoProtDB
糖タンパク質データベース。
現在は、線虫およびマウスの組織より採取した糖タンパク質の情報を収録。

GMDB
糖鎖そのものの構造情報に有用な質量分析データ。
MS1-MS4程度まで収録。

GlycoEpitope
糖鎖抗原（糖鎖エピトープ）を発現する糖タンパク質、糖鎖エピトープを部分構造とする糖脂質、エピトープの合成や分解に関与する生合成酵素および分解酵素、糖鎖エピトープの発現の時期・場所、糖鎖エピトープの関連する疾病、糖鎖認識抗体の入手先などの情報を収録。

GALAXY
糖鎖構造解析を2-D/3-D 糖鎖マッピング法によって行うためのデータベース。

LipidBank
各種脂質(脂肪酸、グリセロ脂質、sphingolipds、 ステロイド、ビタミンなど)のデータベース。
構造情報や文献情報、NMRやMSの測定スペクトルなどの情報を含む。

KEGG GLYCAN
実験的に確かめられた糖鎖そのものの構造のデータベース。

CAZY
Glycosidase や糖転移酵素の情報を集約。

3D Lectin Database
各種生物由来のレクチンのデータベース。
検索機能は無いが、分類から手動で探す。
各エントリには立体構造が表示される。

CFG Databases
Glycan database (mw などで検索), GBP (Glycan Binding Proteins) database (分類から選択), Glyco Enzymes (糖転移酵素を糖の構造の各部分から検索)。

HMDB
ヒトに特化した代謝物データベース。

METLIN
質量分析による代謝物データベース。

Modomics
様々なRNAの配列情報とRNA修飾酵素に関するデータベース。最近はページの更新をしていなさそう。

1.5 低分子を巡る

PubChem
2004年にスタートした、NIH ロードマップに基づく化合物とその生体活性の網羅的収集。
30million compounds/85million substances/500,000 bioassays　(2011.08現在)

ChemBank
スクリーニング生データの収集、スクリーニング条件の厳密な記述、メタデータに基づくDB。

myPresto/LigandBox
MyPresto:分子ｼﾐｭﾚｰｼｮﾝｼｽﾃﾑ、LigandBox:KEGG DRUGに集められた低分子リガンドの３次元分子構造と部分電荷のDB。

ZINC
バーチャルスクリーニングのための市販化合物3次元構造DBと フリードッキングソフトDOCKの提供。

ChEBI
EBI開発の化合物辞書。
2次元、3次元構造表示、生理活性の分類、応用可能性などの記述。

ChEMBL
EBIが提供するDrug-likeな生物活性低分子のデータベース。構造式、化合物プロパティ、生物活性情報を提供している。
データは、学術論文から抽出及びキュレーションされ、最新のSAR及び創薬情報のかなりの部分をカバーしている。

CTD Comparative Toxicogenomics Database
バイアスなしに化合物－遺伝子/タンパク質－疾患の関係を文献からマニュアルキュレートしたデータベース。
2011年2月現在302,209件の化合物－遺伝子/タンパク質相互作用情報が格納。

ChemSpider
公開されている化学構造DBにアクセスできるウェブサービス。

ChemCupid
化合物2次元構造DB、購入可能な450万件。

日化辞
化合物3次元構造DB、289万化合物。

KEGG LIGAND
化合物、薬剤、糖類、酵素、生化学反応などのデータからなるKEGGのサブDB。

DrugBank
薬剤（6,800エントリー）とそのターゲットタンパクデータ集、ターゲット配列、構造、パスウェイ。

SuperDrug
2400の市販薬活性成分の3次元構造DB。

SuperTarget
薬剤のターゲット、薬効、副作用、代謝経路などの情報を纏めたDB。

SuperNatural
約10万件の天然物に関するDB。

PharmGKB
薬剤、ジェノタイプ、フェノタイプ、PK/PD、臨床情報の情報を纏めたDB。

Het-PDB Navi
Protein Data Bank(PDB)にある化合物情報を纏めたDB。

STITCH
化合物とタンパク質の相互作用ネットワークにつき各種DBならびに文献をキュレートしたDB。

GLIDA
もっとも重要な薬剤ターゲットであるGPCRとリガンドにつき、ケモジェノミクスの視点で纏めたDB。

HIC-Up
結晶構造精密化を行うときにCNSソフトで役立つ低分子化合物のトポロジー・パラメータDB。

Dundee Prodrg2
小分子の立体構造を見ることができ、さまざまなソフトウェア用のトポロジーファイルを作成する。
入力は、PDB形式の座標、MDL MOLfileまたはテキストエディターで描いた構造図。
出力は、GROMOS, GROMACS, WHAT IF, REFMAC5, CNS, O, SHELX, HEXまたはMOL2のデータ形式に変換。水素原子の座標も生成する。

FAERS
FDAの医薬品有害事象情報システム (ダウンロードして利用)

VenomKB
動物毒の医療への応用を支援するデータベース。

NLDB
タンパク質と天然リガンドの複合体構造のデータベース。
結晶構造だけではなく、モデリングも行っている。
ヒトを対象として、KEGGとUniProtとPDBをつなぐ形で、リガンド結合部位周辺の変異情報を見やすく集積したデータベース。

1.6 発現から探る

COXPRESdb
ヒト、マウス、ラット等のモデル生物に関して、DNAマイクロアレイあるいはRNA-seqのデータを網羅的に収集して計算した遺伝子共発現データベース。
ライセンス形態 Creative Commons Attribution 2.1

TissueAtlas
バイオプシー試料から得た61組織におけるmiRNA量のデータベース。

1.7 相互作用を探る

ASEdb
ヘテロダイマーの界面にアラニン変異を導入した際に、どれだけ相互作用エネルギーが変化するかを測定した実験結果を集めたデータベース。
2009年6月上旬現在、3043個の変異結果が収められている。
データベースMySQL dump でダウンロードできる。

Bacteriome.org
大腸菌でわかっている「機能的相互作用」と「タンパク質間相互作用」のデータベース。
タンパク質間相互作用のデータは、データの質が高い「コア」ネットワークと、相互作用の証拠がやや薄い「拡張」ネットワークの２種類に分類されている。
2009年6月上旬現在、機能的相互作用は1941個の遺伝子由来の3989個の相互作用が、コアネットワークには918遺伝子由来の3888個の相互作用が、拡張ネットワークには2291遺伝子由来の7220個の相互作用が含まれている。

BioGRID
原核生物、動物、植物の２２生物種で実験的に明らかになっている、タンパク質の物理的相互作用と遺伝的相互作用を集めたデータベース。
総計２４万個近いデータを整理している。データベース内に登場するタンパク質は５２万個以上。
データがフラットファイルでダウンロードできる。

DACSIS
立体構造が明らかになっているタンパク質の生物学的に意味があると想定される相互作用集。
タンパク質相互作用界面がかなり複雑な構造（平らではなくからまりあっている場合が多いこと）をグラフィックスをつかって示している。

DIP
ヒトの手によってチェックされている、タンパク質間相互作用実験データを集積したデータベース。
ヒト、マウス、ショウジョウバエ、酵母、大腸菌など10生物種でなされた6万個以上の実験データを整理して、2万個強のタンパク質が関与する7万個程度の相互作用を蓄積している。

DroID
ショウジョウバエの遺伝子相互作用とタンパク質相互作用を集積したデータベース。
酵母２ハイブリッドなどの実験により明らかになっている相互作用（約3万相互作用）と、他生物種で明らかになっている相互作用からの推定（約13万相互作用）の両方が含まれている。

HCPIN
ヒトのガンに関与するタンパク質の相互作用データを集積したデータベース。
パスウェイを７つに限り（apoptosis, cell-cycle, JAK, MAPK, PI3K, TGF, TLR)、そのパスウェイに関与する相互作用を徹底的に集めている。

HPID
ヒトのタンパク質相互作用に限って、BIND, DIP, HPRDからデータを集めて整理したデータベース。
生化学的な実験または構造解析によって明らかになっている相互作用のみが含まれている。
ユーザが提示するタンパク質の相互作用相手をデータベースから簡単に紹介してくれる。

HPRD
ヒトタンパク質の統合データベース。この中にタンパク質の相互作用情報が39千件以上含まれている。
商用使用にはデータベース開発元の許可が必要。

HUGE ppi
かずさcDNAプロジェクトにおいて明らかになった、ヒト巨大タンパク質の相互作用のデータベース。
酵母２ハイブリッド法による結果が集積されている。

IntAct
EBIが提供するタンパク質相互作用のデータベースと解析ツール。データは論文から収集あるいはデータベースへの登録による。
2011年1月の時点で12,715 の実験、54,024 のタンパク質、272,410 の１対１相互作用、 1,643の統制語が登録されている。

Pathguide
325種類のサイトを蛋白間相互作用、代謝経路、シグナル伝達系、転写因子/遺伝子調節、蛋白化合物相互作用、遺伝子間相互作用などのカテゴリーに分類した網羅的ディレクトリ。
各種標準（PSI-MI,BioPAX, SBML, CellML）への対応状況も含まれる。
また、Googleによる人気順によるリストの並べ替えも可能。

POINT
ヒトタンパク質の相互作用予測結果のデータベース。他生物種でわかっている全相互作用をもとにヒトホモローグの相互作用を推定。
特にタンパク質のリン酸化による相互作用の変化を気にしたデータベース。

ProNIT
タンパク質・核酸相互作用データベース。
相互作用に関する実験データを文献から収集し、データベース化したもの。
10,888件収録（2010年12月）。

Protein-Protein Interaction Panel
理化学研究所において明らかになったマウスのタンパク質相互作用の表。
２００１年に発表した論文のSupplementary。
１４５件の相互作用が記載されている。

STRING
630生物種で観測または予測されたタンパク質間の物理的相互作用と機能的相互作用のすべてを含むデータベース。
250万個以上のタンパク質に関する情報が含まれている。
遺伝子のオペロン構造などによる予測にもとづく相互作用、ハイスループット実験結果、マイクロアレーでわかる共発現のうちよく保存されているもの、および様々なデータベースの記述からの情報をもとにしている。

1.8 俯瞰的に探る

GeneCards
さまざまなデータベースに散逸する遺伝子のアノテーションを、各遺伝子ごとに集積したデータベース。

SBR-Blood
マウスにおける血液細胞分化に関する遺伝子発現とエピジェネティック・プロファイルのデータを網羅的に集積する。

SEA
スーパーエンハンサー(super-enhancer SE)をゲノムワイドで俯瞰可能にするデータベース。

1.9 その他

ライフサイエンス辞書
ライフサイエンス関連の英和・和英辞書、シソーラス、共起表現等を調べることができる。
ライセンス形態 個人利用の範囲でフリー

2 ツール編

2.1 配列をアライメントする

TREBMAL
アミノ酸配列のスタンダードなマルチプルアラインメントを作ってくれるサイト。入力データの（総残基数）が５万に制限されている。出力はシンプルなテキスト形式。
利用形態 サーバサイド

CLUSTAL
広く利用されているマルチプルアラインメントソフトウエア。ダウンロードしてPCにインストールする必要あり。CLUSTALを用いたアラインメント・サーバも多くある（例：DDBJ, KEGG)
利用形態 ソフトウェアダウンロード

PROBCONS
probabilistic consistency を利用した高精度マルチプルアラインメント法のサーバ。
利用形態 サーバサイド

MUSCLE
log expectation scoreを利用した高精度マルチプルアラインメントのサーバ。
利用形態 サーバサイド

TCOFFEE
consistencyを利用したtree-baseの高精度マルチプルアラインメントのサーバ。またここでは、M-coffeeというアラインメントのメタサーバも利用できる。
利用形態 サーバサイド

MAFFT
大量配列を高精度、高速にアラインメントするためのサーバ。日本発のアラインメントプログラムで海外でも高い評価を受けている唯一のもの。近年、ncRNAのアラインメントのための工夫も導入された。ここからソフトウェアをダウンロードすることも可能。
利用形態 サーバサイド

MAFFTash
配列アラインメントプログラムMAFFTと構造アライメントプログラムASHを組み合わせて作成された配列-構造統合アラインメントプログラム。構造と配列を入力として、構造アラインメントをまず行い、それを制約条件として配列のマルチプルアラインメントを作成する。
利用形態 サーバサイド

EXPRESSO
以前は、3D-Coffeeと呼ばれていたツールの改良版。MAFFTashと同様に、配列と構造を入力として、配列と構造のマルチプルアラインメントを作成する。
利用形態 サーバサイド

2.2 配列から探る

prDOS
アミノ酸配列を入力として、天然変性領域を予測するweb サービス。
利用形態 サーバサイド

2.3 立体構造を入力としてその特徴を分析する

DSSP
タンパク質の立体構造を入力として、水素結合形成の規則性を利用して二次構造を同定するプログラム。二次構造同定プログラムの定番。ライセンス契約に基づきプログラムをダウンロードして利用。
利用形態 サーバサイド
ライセンス形態 ライセンス

CONTACT
タンパク質の立体構造を入力として実行すると、別のウインドウが開きコンタクトマップが表示される。
利用形態 サーバサイド

eF-Surf
立体構造を入力すると分子表面の静電ポテンシャルを計算してくれる。出力はメールで送られる。
利用形態 サーバサイド

eF-Seek
入力された立体構造と表面構造が類似するタンパク質をPDBのエントリから検索するサーバ。
利用形態 サーバサイド

APBS
Poisson-Boltzman方程式を解くことによる生体分子の溶解の解析のソフトウェアパッケージ。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

GRASP2
巨大分子の構造や表面の可視化のツール。GRASPの更新バージョン。Windowsで利用可能。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

HBOND
PDBファイルを入力にして、水素結合を幾何学的に計算する。水素結合の条件に注意。
利用形態 サーバサイド

situs
電顕やトモグラフィーなどの低解像度の密度マップに対して、原子レベルの解像度のモデルを作成するソフトウェア。ダウンロードして使用。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

S-flexfit
電顕から得られた電子密度マップに、X線結晶構造解析あるいはNMRによって得られた高解像度のタンパク質のドメインを適合させるソフトウェアのパッケージ。 PythonとC/C++で書かれている。　UNIXで利用可能。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

DIHED
タンパク質の構造を入力すると二面角を計算してラマチャンドランプロットを作成してくれるサーバ。
利用形態 サーバサイド

PROCHECK
タンパク質の構造の立体化学的な妥当性をチェックする代表的なツール。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

ProSA
実験的に決定された構造やモデル構造について、構造が正しいか、またおかしな部分がないかをチェックするツール。 サーバのサイトであるがダウンロードも可能。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

Verify3D
結晶構造のリファインメントを支援するために設計されたツール。 PDBフォーマットのデータをアップロードすると、その構造の妥当性を可視化して解析してくれる。
利用形態 サーバサイド

ERRAT
異なる原子タイプの間の非共有結合相互作用の統計を解析することで結晶構造のモデル構築やリファインメントを支援するための構造評価ツール。
利用形態 サーバサイド

ANOLEA
統計的なポテンシャルを用いて、タンパク質の構造の妥当性を評価するサーバ。
利用形態 サーバサイド

MolProbity
実験または計算機によって得られたタンパク質立体構造が妥当な構造であるかを様々な方法で検証するメタサーバ。いろいろなチェックを１回で行ってくれる。
利用形態 サーバサイド

naccess
タンパク質立体構造に対して露出表面積を計算するための代表的なソフトウェア。 UNIX環境とfortran77 コンパイラが必要。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

GETAREA
与えられたタンパク質立体構造に対して、露出表面積や溶媒和エネルギーを計算してくれるサーバ。
利用形態 サーバサイド

SURFace
タンパク質の立体構造を与えると、rolling probeを用いた露出表面積や平均曲率を計算してくれるソフトウェア。 SGI及びLinux環境で動作。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

PIC
タンパク質の立体構造情報から、疎水結合、水素結合、イオン結合などの結合情報を計算する。
利用形態 サーバサイド

FastContact
タンパク質-タンパク質複合体における結合の自由エネルギーをアミノ酸残基単位で見積もるサーバ。Linux, IBM SP版のソフトウエアもダウンロードできる。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード

2.4 立体構造を表示する

UCSF Chimera
タンパク質を含む分子構造のインタラクティブな可視化及び解析のツール。　座標データだけではなく、電子密度マップも取り扱える。立体構造のグラフィック表示だけではなく、付属のSequence viewerを用いると、マルチプルアラインメントから得られる情報を構造の上に反映させたり、アラインメントに従って重ね合わせの計算を行うこともできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

RasMol
タンパク質、核酸、低分子の構造を可視化するためのグラフィックスソフトウェア。 古くから使用されており、様々なプラットフォーム上で利用可能。 オープンソース。 MolScriptに読み込ませるためのファイルを出力することもできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

PyMOL
タンパク質立体構造のグラフィクス表示、レンダリング、アニメーションなどを行える。オープンソース。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

jV
PDBjで作成されたタンパク質立体構造のグラフィクス表示のソフトウェア。 PDBのXMLフォーマットであるPDBMLを読みこむことができる。RasMol様の仕様。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

Chime
タンパク質やDNAの構造のグラフィクス表示のためのソフトウェア。 ウェブブラウザにプラグインとして組み込まれる形式。 MDL社のHPからフリーでダウンロードできる。 プラットフォームが限られている。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

Jmol
タンパク質や低分子の立体構造の表示ソフト。 インタラクティブなウェッブブラウザJavaアプレットとして構築されている。 オープンオースのビューワであり、ダウンロードして使用するが、Javaが必要。 Chimeのようなプラットフォームの制限がない。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

CueMol
分子構造や電子密度の表示ソフト。PowerPointやブラウザ中に埋め込みインタラクティブなプレゼンテーションにも使用できる。Windows版のバイナリとソースがダウンロードできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

MolScript
分子の立体構造の模式的また詳細なグラフィクスイメージの作成ソフト。PostScript, Raster3Dなど様々なアウトプットの書式を選択できる。入力はPDB書式そのものではなく、RasMolあるいはMolAUtoで作成されるスクリプトファイル。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

LIGPLOT
PDB書式の立体構造中のタンパク質とリガンドの相互作用のなかの、水素結合と疎水的接触を図式的に表示するプログラム。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

NUCPLOT
タンパク質-核酸間の相互作用を図式的に表示するソフトウェア。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

JChemPaint
低分子化合物の２次元描写できるJavaプログラム。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

BKChem
化合物エディタ。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

2.5 構造を比較する

CE
CEはcombinatorial extensionの略。DALI同様に局所的で短いアラインメントを多数発生させ、それをクラスタリングしてアラインメントを拡張する。このサイトではペアワイズまたマルチプルの構造アラインメントのサービスと、CEのソフトウェアのダウンロードのサービスが行われている。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード

VAST Search
VASTはVector Alignment Search Toolの略。立体構造中の二次構造の配置の比較に基づき、構造アラインメントが作成される。このサイトではユーザの問い合わせ構造に対する立体構造データベースの類似性検索を行える。
利用形態 サーバサイド

DALI server
DALIは、コンタクトマップを用いて、局所的で短いアラインメントを多数発生させ、それを組み上げて長い構造アラインメントを構築する方法。このサーバでは、DaliLiteによるペアワイズ構造アラインメントを利用した構造データベースの検索が行われる。ユーザは問い合わせ構造をアップロードするか、PDBのIDコードを入力し検索を実行する。結果はe-mailで受け取る。
利用形態 サーバサイド

DALI pairwise alignment
DALIのアルゴリズムを用いたペアワイズ構造アラインメントのサーバ。比較する２つの構造を入力するとペアワイズアラインメントが得られる。DALIのソフトウェアDAliLiteのダウンロードサイトへのリンクもある。
利用形態 サーバサイド

MATRAS
Markovian transition of structure evolutionの略。Matras では、構造変化をDAYHOFF行列のようなlog oddsスコアで表現し、それを利用して構造比較が行われる。このサーバではペアワイズ、マルチプルの構造アラインメント、内部類似性の検出などを行うことができる。
利用形態 サーバサイド

Structure Navigator-RT
PDBjのDaron M Standleyによって開発されたユーザの問い合わせ構造に対するPDB中の類似構造のサーチエンジン。ASHのスコアを利用して探索が行われる。結果はe-mailで返される。
利用形態 サーバサイド

ASH
double dynamic programming algorithmに、新規のスコアNERを加えて、PDBjのDaron M Standleyによって開発された構造アラインメントのプログラム。RASH, GASHという２つのバージョンによるペアワイズ構造アラインメントのサービスと、ASHのダウンロードサービスが行われている。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

SSM
SSMはsecondary srucure matchingの略。二次構造をグラフで表現してマッチングし、それに基づいて繰り返し計算で α炭素のアラインメントが行われる, このサイトでは、ペアワイズ比較、多重比較、ダウンロードサービスが行われる他に、SSM を利用した他のサイトへのリンクがはられている。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

SUPERPOSE
ペアワイズアラインメントと、それに対応する立体構造が与えられた時に、その重ね合わせを実行し、RMSDと各対応残基の距離が与えられる。
利用形態 サーバサイド

PRODRG2
GROMACSを利用して、タンパク質とリガンドとの複合体分子動力学計算をする際に、必要なリガンドのパラメターを作成する。
利用形態 サーバーサイド、ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 サーバーサイドの利用はアカデミックユーザのみだが1日に利用可能なサブミッション数に制限がある。ソフトウェアダウンロードでの利用はアカデミックおよびコマーシャルともにライセンスの問い合わせが必要。

2.6 構造を予測する

PredictProtein
アミノ酸配列から二次構造をはじめ、タンパク質の機能予測もする統合サーバ。サーバ使用にあたってメールアドレスを登録する必要あり。解析には多少時間がかかる。
利用形態 サーバサイド

JPred
アミノ酸配列から二次構造を予測する。最初にPDBに類似配列が存在しないかを調べてくれる。その後類似配列を配列データベースから検索し、すべての配列に対して、様々な二次構造予測を適用し、結果の多数決を取る。多少時間がかかるが、すべてブラウザー上で行ってくれる。
利用形態 サーバサイド

CONSENSUS、ALIGN CONSENSUS
クラシックな３種の二次構造予測の方法（Chou Fasman(CF)法、GOR(GOR)法、Neural Network(NN)法）をいろいろな組み合わせで利用して、アミノ酸配列から二次構造を予測するサイト。各方法のみによる二次構造予測を始め、それらの組み合わせによる多数決での予測、また類縁アミノ酸配列のアラインメントを入力することで、それぞれの方法の多数決による結果や、複数の方法をアラインメントされている全配列に適用して多数決を取った結果を得ることもできる。
利用形態 サーバサイド

ASAP
アミノ酸配列から各残基がタンパク質の内部にあるか表面に位置するかを予測する。時間がかかるがすべてブラウザー上で実行される。各残基の溶媒接触表面積（ASA)とアクセシビリティーを予測する。予測してくれるアミノ酸配列の長さは６０残基以上６０００残基未満。
利用形態 サーバサイド

TOPCONS
アミノ酸配列から細胞膜貫通部位と、膜内外の部位を予測する。５つの方法で予測し、そのコンセンサスを取る。
利用形態 サーバサイド

SOSUI
アミノ酸配列から膜貫通部位と膜内外ループを予測する日本製のサーバ。速い。アミノ酸残基の長さは２０残基以上、５０００残基以下。
利用形態 サーバサイド

TMHMM
アミノ酸配列から膜貫通部位と膜内外ループを予測する。Linuxの上で動くソフトウエアも配布している。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード

DLP-SVM
アミノ酸配列からドメインリンカー部分を予測する日本製のサーバ。いろいろパラメターがあるがデフォルトのままで特に問題はない。アミノ酸配列（１２０残基以上２０００残基以下）をはりつけて、パラメタセットの一番下にあるPlotとDetailをONにしてからPredictボタンを押すと、すぐに結果が表示される。
利用形態 サーバサイド

VLXT(PONDR)
ニューラルネットワーク法を用いて、アミノ酸配列から、disorder領域を推定するサーバ。もっとも古いサーバの一つ。アミノ酸配列の残基組成にもとづく予測。　Pondrの中にいくつかの種類がある。ユーザ登録が必要で、登録に少し時間がかかる。
利用形態 サーバサイド
ライセンス形態 ライセンス

FoldIndex
アミノ酸配列における残基の疎水性／極性残基分布にもとづいて、diosorder領域を予測する。物理化学的な方法。
利用形態 サーバサイド

DISPROT
PONDRと同様の予測方法。こちらはライセンスがなしですぐに利用できる。
利用形態 サーバサイド

DISOPRED2
PSI-BLASTによる類似アミノ酸配列も用いて、disorder領域を予測する方法。パラメターはニューラルネットワーク法で構築している。
利用形態 サーバサイド

GlobPlot2
各アミノ酸残基種のdisorder領域への出現頻度にもとづくパラメターを用いて、入力されたアミノ酸配列のdisorder領域を予測するサーバ。　ヨーロッパ製。
利用形態 サーバサイド

DisEMBL
様々なdisorder領域の定義に対して、その定義にしたがう部分を予測できる予測サーバーをニューラルネットワークにより構築。GlobPlot2と関連のあるサーバ。
利用形態 サーバサイド

IUPred
アミノ酸残基対の相互作用エネルギーにもとづく、disorder領域の予測サーバ。構造を形成する部分には多くの残基間接触があり、構造を形成しない部分には、残基間接触が少ないことを利用している。
利用形態 サーバサイド

ATSAS
X線小角散乱データから、タンパク質のだいたいの立体構造を推定するサーバ。サーバ使用にあたって登録が必要だが、　Emailアドレスを打ち込むだけで、瞬時にパスワードがもらえる。複数のドメインから校正されているタンパク質のドメイン位置関係を推定するときなどに重要なデータを得られる。使い方がわかりにくいページ。
利用形態 サーバサイド

WoLF-PSORT
アミノ酸配列から、そのタンパク質が細胞のどこに局在するかを予測するサーバ。局在に関する様々な特徴量を組み込んだ予測方法で、８０％以上に精度がある。
利用形態 サーバサイド

SignalP
アミノ酸配列から、シグナルペプチド（最終的に切り落とされてしまう部分）の有無を予測するサーバ。
利用形態 サーバサイド

SCWRL4
アミノ酸残基の側鎖座標をモデリングするためのソフトウエア。正答率はかなり高い。非アカデミックには有償。Dunbrackらによるグラフ理論を用いた予測方法。ソフトウエアにはWindows用インストーラは入っているが、他のＯＳにインストールする場合は、少し手間がかかる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

MODELLER
一番よく使われているホモロジーモデリング用ソフトウエア。残基間距離情報を最適化することにより、立体構造を構築する。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

MODWEB
MODELLERのサーバ版。実行させるためにはMODELLER用のアクセスキー（文字列）が必要。
利用形態 サーバサイド
ライセンス形態 ライセンス

SWISS-MODEL
よく使われているホモロジーモデリングのサーバ。モデルを構築するにあたっては、アミノ酸配列のみをアップロードする方法、テンプレート配列とのアラインメントをアップロードする方法、および関連ソフトウエアであるDeepViewのプロジェクトファイルをアップロードする方法がある。
利用形態 サーバサイド

WHAT-IF
ホモロジーモデリング開発初期からあるソフトウエア。ライセンスはファックスをやりとりして獲得しなければならないのが、やや面倒。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ライセンス

ICM Homology
独自のエネルギーポテンシャルを持っている生体高分子のホモロジーモデリングソフトウエア。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償ライセンス

SCRWL
ペアワイズアラインメントを与えることで瞬時にホモロジーモデリングを完了するサーバ。ただし挿入欠失配列はモデリングしてくれない。
利用形態 サーバサイド

SYBYL-X
TRIPOS製の有償ソフトウエア。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償ライセンス

Phyre
アカデミックには無償で公開されているフォールド推定サーバ。アミノ酸配列がどのフォールドに当てはまるかを予測する。CASP8で上位に位置している。
利用形態 サーバサイド

FUGUE2
日本製のフォールド認識サーバ。
利用形態 サーバサイド

SAM-T08
隠れマルコフモデルを用いたフォールド認識サーバ。
利用形態 サーバサイド

forte
アミノ酸配列のプロファイルの比較によるフォールド認識サーバ。
利用形態 サーバサイド

COMPASS
アラインメントをアップロードすることで、このファミリーがどのフォールドにあてはまるかを推定するサーバ。
利用形態 サーバサイド

GenTHREADER
アミノ酸配列をアップロードするとPSI-BLASTにより類縁タンパク質のアミノ酸配列を集め、それらの配列からプロファイルを構築して、あてはまる立体構造を探し出すサーバ。
利用形態 サーバサイド

ROBETTA
タンパク質立体構造予測サーバ。アップロードされたアミノ酸配列を細かいフラグメントに分断し、部分配列と類似の配列をデータベースから検索し、それらをつなぎ合わせながら全体構造を最適化する。
利用形態 サーバサイド
ライセンス形態 ライセンス

K2D2, K2D3
CDスペクトルから二次構造含量を推定することができる。
利用形態 サーバサイド

MARBLE
分子動力学計算を行うソフトウェア。シンプレクティック部分剛体時間積分法を採用し、高い精度で全エネルギーを保存。ハイブリッド並列に対応。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 GPLに準拠

Phobius
アミノ酸配列から膜貫通部位と膜内外ループを予測する。
利用形態 サーバサイド、ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 個人研究、教育、非営利研究ならば使用可。

2.7 相互作用する部位を予測する

SURFNET
2原子間に他の原子に接触しないように球を配置したときに、最も大きな球を配置できた場所をポケットとして同定する。また、タンパク質表面の計算も可能。ソースコードをコンパイルして利用する。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

CASTp
ドロネー三角形分割を用いてポケットを同定し、その結果をWebブラウザ上で観察できる。手元のPDBファイルのポケット同定以外にも、PDBIDにより既知構造のポケットを検索可能。
利用形態 サーバサイド

LIGSITECSC
タンパク質をグリッドで表現し、タンパク質に囲まれた溶媒露出グリッドをポケットとして同定する。手元のPDBファイルのポケット同定以外にも、PDBIDにより既知構造のポケットを検索可能。サーバの記述は簡潔で分かりやすい。ソースコードをダウンロードできる。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ソフトウエアのコンパイルにはBALLライブラリの追加インストールが必要。

eF-surf
タンパク質の立体構造座標から、分子表面および静電ポテンシャルを計算する。
利用形態 サーバサイド

eF-seek
クエリーとしたタンパク質のリガンド結合部位と類似した構造を持つタンパク質をeF-siteデータベースから検索する。
利用形態 サーバサイド

Evolutionary Trace Server
ET viewer、および、ET report_makerにより、PDBに登録されている立体構造データをもとにして進化トレース法を行った結果を見ることができる。
利用形態 サーバサイド

TraceSuite II
立体構造既知のタンパク質とそのファミリーの配列アラインメントを入力すると進化トレース法によりクラス特有の保存残基を特定する。
利用形態 サーバサイド

DISPLAR
ニューラルネットワークを使ってタンパク質の立体構造からDNA/RNA相互作用部位を予測する。
利用形態 サーバサイド

KYG
RNAとの結合に使われやすいアミノ酸残基の立体構造上の配置をもとにRNA結合残基を予測する。また、配列情報を組み合わせて予測することもできる。
利用形態 サーバサイド

cons-PPISP
ニューラルネットワークを使ってタンパク質の立体構造からタンパク質間相互作用部位を予測する。
利用形態 サーバサイド

ProMate
タンパク質の相互作用に用いられやすい残基が集中しているかどうかをもとに立体構造情報から相互作用部位を予測する。
利用形態 サーバサイド

GHECOM : Grid-based HECOMi finder
様々な深さのタンパク質表面のポケットを、モルフォロジー理論(mathematical morphology)を用い、効率的に三次元グリッド上に計算することで、リガンド結合部位を精度よく推定。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード

2.8 ドッキングを予測する

AutoDock
低分子とタンパク質側鎖のflexibilityを考慮してドッキングが可能。最新版ではタンパク質-タンパク質のドッキングもできるようになった。Freeで配付されているAutoDockToolsと組み合わせるとGUI上でドッキングが実行できる。MacOSX, Linux, Windows版の他各種Unix版があり、ソースコードもダウンロードできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

DOCK
低分子の構造が結合ポケットの構造に適合するかどうかを力場にもとづく関数で評価してドッキングを行う。最新のバージョンでは溶媒による影響やタンパク質のflexibilityを考慮したドッキングが可能になっている。ソースコードをダウンロードし、コンパイルする必要がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

GOLD
遺伝的アルゴリズムを使ってリガンドの全flexibilityを考慮してドッキングを行う商用ソフトウエア。Windows, Linux, SGI版がある。また、Web経由の試用ができる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償（国内の取り扱いは社団法人化学情報協会）

FlexX
リガンドをフラグメント単位で扱うドッキングを行う商用ソフトウエア。Linux, Windows版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

ICM-Docking
商用ソフトウエアICM-Proのタンパク質-低分子とタンパク質-タンパク質のドッキングを行うモジュール。Windows, Linux, SGI, MacOSX版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

MOE-Dock
分子解析の統合パッケージMOEのタンパク質-低分子ドッキングを行うモジュール。Windows, Linux, MacOSX,HP-UX, Solaris, SGI版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

Glide
タンパク質-低分子のflexibleドッキングを行う商用ソフトウエア。タンパク質構造予測プログラムのPrimeと組み合わせることでリガンド結合に伴う構造変化も推定できる。Linux, Windows版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

FRED
タンパク質-低分子のflexibleドッキングソフトウエア。Linux, Windows, MacOSX版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

GRAMM
分子間エネルギーをスコア関数として、その最小化によりタンパク質-タンパク質、および、タンパク質-リガンドの剛体ドッキングを行う。Windows、Linux、その他各種Unix版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

3D-DOCK
タンパク質表面の性質（形状、静電ポテンシャル）の相補性により剛体ドッキングを行うFTDOCK、複数のドッキング構造（decoy）を経験的スコアにより再評価するRPSCORE、decoyの精密化を行うMULTIDOCKの３つのソフトウエアパッケージ。FTDOCKとRPSCOREはソースコードからコンパイルが必要。MUTLIDOCKはSGIとLinux版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 FTDockはFree。ただし、fftwというフーリエ変換ライブラリのインストールが必要。RPSCOREとMULTIDOCKは登録が必要。

HEX
タンパク質表面の性質（形状、静電ポテンシャル）の相補性を使ってタンパク質と他分子との剛体ドッキングを行う。グラフィックス上でのドッキング結果の観察や、タンパク質構造の重ね合わせもできることが特徴。Windows, Linux, MacOSX（PPC）版がある。サーバ上でも利用可能。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

DOT
分子間エネルギー（静電ポテンシャル, van der Walls）を評価関数として用いて高分子の剛体ドッキングを行う。MacOX, Solaris, Linux版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

ZDOCK
タンパク質表面形状の相補性や、静電ポテンシャル、経験ポテンシャルなどにより剛体ドッキングを行う。Linux, MacOSX, IBM, SGI版がある。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

ESCHER NG
タンパク質表面の性質（形状、静電ポテンシャル）の相補性によりタンパク質-タンパク質、および、タンパク質-DNAの剛体ドッキングを行う。Windows版はVEGA packageに含まれている。ソースコードのダウンロードも可能。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

HADDOCK
NMRの化学シフト等をはじめとする様々な相互作用部位情報を拘束条件として分子ドッキングを行う。Linux, MacOSX, IBM, SGI版がある。CNS（Crystallography & NMR System）のスクリプトを使うので、CNSのインストールも必要。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 登録が必要

GRAMM-X
GRAMMのスコア関数をより予測精度の高いものに発展させ、さらにWebサーバとして利用を可能にしたもの。
利用形態 サーバサイド

3D-Garden
3D-DOCKを発展させてWebサーバにしたもの。decoyの作成のみも可能。in-houseでの解析用にライセンスを結んでソフトウエアパッケージを入手することもできる。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ソフトウエアの入手には開発者への連絡が必要

RosettaDock
タンパク質の立体構造予測法をベースとして側鎖の構造空間を考慮し、自由エネルギーが最小となる構造を求めることで精密な複合体構造を予測する。初期配置の周辺を徹底的に解析するので、入力の構造ができるだけ尤もらしい配置になっている必要がある。RosettaCommonsの中にソースコードが含まれている。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 RosettaCommonsのインストールには登録が必要

PatchDock
局所構造の相補性を見ることで、高速にドッキングを行う。特定のアミノ酸残基をあらかじめ結合部位と見なしてドッキングすることもできる。Linux用のダウンロード版もある。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ソフトウエアの入手には登録が必要

ClusPro
表面構造の相補性等をもとにして、無数のdecoyの中から正しい複合体構造を選ぶことに主眼を置いている（decoyの作成にはDOTを使っている）。利用者がZDOCKやGRAMMによって作成したdecoyも解析できる。
利用形態 サーバサイド

FireDock
PatchDockやZDOCKなどの剛体ドッキングにより予測された複合体構造をもとにして、タンパク質のflexibilityを考慮して予測構造の精密化を行う。Linux用のダウンロード版もある。
利用形態 サーバサイド ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 ソフトウエアの入手には登録が必要

Molegro Virtual Docker
タンパク質とリガンドの相互作用を予測するための統合プラットフォーム。分子構造の準備からターゲットのタンパク質に対する推定結合部位の決定、そして、リガンドの結合モードの予測まで、ドッキングの全過程を予測可能。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

MEGA
DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのフリーのソフトウェア。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 フリーかつ再配布不可

MEGADOCK
タンパク質-タンパク質の剛体ドッキングを行うソフトウェア。グリッドベースのアルゴリズムを用いる。従来法よりも高速。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 GPLv3

SmoothDock
タンパク質-タンパク質のフレキシブルドッキングを行うソフトウェア。主鎖は剛体として扱い、側鎖のリファインメントを行う。

2.9 俯瞰的に探る

VaProS
キーワードからさまざまなデータベースを一気に検索する。
利用形態 サーバーサイド

2.10 振舞いをシミュレーションする

oGNM
Gaussian Network Modelを使って、タンパク質の立体構造座標から平衡状態のダイナミクスを計算し、タンパク質のどの部分が揺らぎやすいかを調べることができる。
利用形態 サーバサイド

AMBER
分子動力学計算や基準振動解析などの様々な分子シミュレーションを行うソフトウエア。このサイトからはAmber力場もダウンロードできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

CHARMM
分子動力学計算をはじめとする様々な分子シミュレーションを行うソフトウエア。CHARMM力場はhttp://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.htmlからダウンロードできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

GROMACS
分子動力学計算を非常に高速に行うソフトウエア。Linux, MacOSX版がある他、ソースコードをダウンロードしてコンパイルすることもできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 Free

NAMD
並列化により分子動力学計算を高速に行うソフトウエア。Linux, MacOSX, Windows, 各種Unix版がある他、ソースコードをダウンロードしてコンパイルすることもできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 Free

TINKER
分子動力学計算をはじめとする様々な分子シミュレーションを行うソフトウエア。Linux, Windows, MacOSX版がある他、ソースコードをダウンロードしてコンパイルすることもできる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 Free

ATTRACT
基準振動で主鎖を変形させてタンパク質-タンパク質ドッキングを行うソフトウェア。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 GPLv3

2.11 NMR構造解析を支援する

KUJIRA
NMR解析用プログラム。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

NMRPipe
タンパク質解析用の高速多次元NMRデータ処理ソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

Sparky
NMRデータを処理、表示するソフト。タンパク質、核酸に対応。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

XEASY
NMRデータを処理、表示するソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

CARA
NMRデータの解析ソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

UNIO
NMRデータの自動解析ソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

NMRViewJ
NMRデータを処理、表示するソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

aria
自動でNOE帰属と構造計算を行うソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

CYANA
立体構造計算と決定を自動的に行うソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

PROCHECK-NMR
NMRで解析された構造を評価するソフト。PROCHECKの中に含まれている。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

Shifty
入力したアミノ酸配列とBMRBデータを比べることで構造予測を行い、その構造から化学シフトを予測するサイト。
利用形態 サーバサイド

SHIFTS
タンパク質立体構造から化学シフトを予測するサイト。
利用形態 サーバサイド

ShiftX
タンパク質立体構造から化学シフトを予測するサイト。
利用形態 サーバサイド

2.12 X線構造解析を支援する

CCP4
タンパク質結晶学に関するあらゆるプログラムが集合したパッケージ。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

HKL Research Inc.
回折イメージを処理するソフト。DenzoとScalepackの２つで構成されています。有料。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 有償

Interactive DPS/Mosflm/CCP4 Data Processing
回折イメージを処理するソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

xia2
自動回折イメージ処理ソフト。Mosflmを使用。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

SHELX
低分子結晶の構造解析にも使えるソフト。重原子を用いた位相決定から構造の精密化まで使えます。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

SOLVE/RESOLVE
全自動でMAD, SAD, MIRを解いてくれるソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

SHARP/autoSHARP
SAD、MAD、SIR、MIRでの位相決定ソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

SnB
直接法による構造解析ソフト。160個のセレン原子の位置決定も可能だそうです。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

PHASER
分子置換法による構造解析ソフト。Phenixやccp4に含まれている。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

EPMR
分子置換法による構造解析ソフト。Linux, mac, winに対応しています。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

BALBES
全自動の分子置換ソフト。アミノ酸配列と反射ファイルを入れると、類似構造を探して分子置換を行う。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

PHENIX
自動構造決定ソフトウェア。PHASER, SOLVE/RESOLVEを使用している。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

ARP/wARP
電子密度から構造モデルを構築、精密化するソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

Lafire
得られた初期構造(部分構造)から自動でモデル構築を行い精密化するソフト。ver.3.0から核酸のモデル構築にも対応しています。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

CNS
Simulated Annealing法を用いた蛋白質構造精密化ソフト。NMRの解析にも対応。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

coot
ccp4に連携したモデル構築ソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

MIFit
モデル構築、精密化ソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

O
モデル構築ソフト。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

NOC
モデル構築ソフト。タンパクの描画にも使える。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

TURBO-FRODO
モデル構築ソフト。核酸の構築も出来る。
利用形態 ソフトウェアダウンロード

2.13 質量分析を支援する

Mascot
PMF法、MS/MSスペクトルのデータを用いてデータベースを検索しタンパク質を同定するサイト。
利用形態 サーバサイド

ProFound
PMF法によりタンパク質を同定するサイト。
利用形態 サーバサイド

2.14 その他

CBS Prediction Servers
Technical University of DenmarkのCenter for Biological Sequence analysisで開発されたタンパク質局在、翻訳後修飾、免疫学的性質などの予測ツールが集められたサイト。
利用形態 サーバサイド

FigTree
newick 形式で作成された系統樹を graphical に表示するプログラムです。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 フリー

mutation 3D
がん体細胞変異から起こるアミノ酸置換のクラスターを探索／6000件の研究報告と利用者のデータから。
利用形態 サーバーサイド

Open Babel
リガンドデータを取り扱うためのプログラム群。フォーマット変換やリガンド構造比較などができる。
利用形態 ソフトウェアダウンロード
ライセンス形態 GPLv2

2.15 他のサイトをもっと見てみたい

Villoutreix Links
リンク集。構造インフォマティクス、virtual ligand screening関連。

Structural Biology Software Database
リンク集。ドッキング関連。